Όργανα διοίκησης και διαχείρισης του ΕΛΚΕ είναι:
Η Μονάδα Οικονομικής και Διοικητικής Υποστήριξης (ΜΟΔΥ) του ΕΛΚΕ είναι η αρμόδια υπηρεσία για τη διοικητική υποστήριξη και οικονομική διαχείριση του ΕΛΚΕ.
Στο διάγραμμα παρακάτω μπορείτε να δείτε σχηματικά την δομή του Ειδικού Λογαριασμού Κονδυλίων Έρευνας.